DNA甲基化的程度會影響基因表現與否。在DNA高度甲基化的位置,染色體纏繞得比較緊密,這些地方的基因不會表現。
DNA甲基化通常發生在 CpG island,promoter附近CpG island受到保護可以避免遭到甲基化,因此後續的exon可以被轉錄。相反的,這些重要基因以外DNA序列的CpG island則是高度被甲基化,所以這些序列不會被轉錄,而這些高度甲基化的位置通常是一些重複性的DNA片段或是染色體中心的位置。
然而在癌細胞中,DNA甲基化的情形就與上述完全迥異。重複序列以及染色體中心的甲基化程度比正常的細胞低。因而使得意想不到的基因被表達,也使得染色體的結構穩定性降低。
癌細胞的發展常常也與suppressor gene功能喪失有關。除了突變導致suppressor gene無法正常功能以外,異常的DNA甲基化才是導致多數抑癌基因功能喪失的原因。隨著抑癌基因基因的關閉後,連帶影響cell cycle 、apoptosis、DNA damage repair、cell adhesion、differenciation...
另外、除了DNA的甲基化,DNA纏繞蛋白(histone)的去乙醯化,也會導致染色體纏繞的更緊實,而導致該段許基因無法表現。
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